En 1933, fue empleado allí como asistente y posteriormente pasó por toda la gama de ascensos, para convertirse en Curador de Aves en 1963, muriendo inesperadamente en el cargo dos años más tarde, a los 53 años, de un repentino ataque al corazón.

En la década de 1950, participó en más expediciones, no solo a Nueva Guinea, sino también a Nepal y a las Indias Occidentales; estudiando especialmente sus aves del paraíso y ptilonorrínquidos, dirigiendo allí, un total de cinco expediciones, su última en 1964.

Además de numerosos artículos en las publicaciones científicas de AMNH, escribió muchos artículos ilustrados para Natural History y para National Geographic Magazine.

Gilliard fue un experto fotógrafo y cinematografista; participando en la realización del documental Search for Paradise (1957), dirigido por Otto Lang.

La abreviatura Gilliard se emplea para indicar a Ernest Thomas Gilliard como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.