Su primer artículo, Beiträge zur Lehre von den Sehnenreflexen ("Contribuciones a la enseñanza de los reflejos osteotendinosos"), se publicó en 1883 y le dio reconocimiento local e internacional.

Al investigar los fenómenos de la hipnosis y la sugestión, atribuyó el mecanismo del pensamiento a causas físicas.

Sus investigaciones en este ámbito se centraron principalmente en el estudio y tratamiento de las enfermedades orgánicas del corazón.

Además, gracias a sus exitosos experimentos clínicos, se introdujo en 1886 el calomelano (Hg2Cl2) como un medicamento diurético, y también mapeó la estructura bioquímica de la albúmina humana.

[cita requerida] En honor a su legado, la Universidad Semmelweis estableció en 1960 la Medalla Conmemorativa Ernő Jendrassik, que lleva su nombre.