Está advocada a la patrona de Santander, Virgen del Mar.

Su situación al lado del mar ha supuesto su derribo parcial durante los temporales en varias ocasiones.

Quizá su mayor destrucción fue la de finales del siglo XVII.

Se sabe que el santanderino José Calderón, de quien se sabe que trabajaba en ella en 1684, reconstruyó la capilla mayor, y que Francisco Sainz de Coterillo recibió un salario en 1693, probablemente por la construcción del último tramo de la nave.

Además de la capilla, a la que se accede desde la nave, tiene otro cuerpo, añadido en 1696.