[1]​ Eremiasaurus es conocido a partir de dos especímenes, ambos designados como sintipos.

El espécimen sintipo UALVP 51744 consiste de un cráneo casi completo, la columna vertebral y piezas aisladas del esqueleto apendicular, mientras que el espécimen sintipo OCP DEK/GE 112 también incluye un cráneo casi completo así como una columna vertebral casi intacta.

Con base en las observaciones de estos especímenes, se pueden establecer varias características distintivas que apoyan claramente la validez de Eremiasaurus como un género distinto.

Las más prominente de estas es el alto grado de heterodoncia y el número inusualmente grande de vértebras pigales; solo Plotosaurus poseía incluso más vértebras pigales entre los mosasaurios conocidos.

[1]​ Un análisis filogenético publicado junto con la descripción científica del animal empleó una matriz de datos de 135 características y 32 taxones terminales y determinó que Eremiasaurus heterodontus es el taxón hermano de los Plotosaurini, una tribu ahora considerada como sinónimo de los Mosasaurini.