Ha sido descrito como "el padre del estudio moderno de la historia altomedieval irlandesa".

Posteriormente sería elegido miembro del Primer Dáil por el Sinn Féin.

Consiguió graduarse en economía, jurisprudencia e historia constitucional en 1888, y entró a trabajar en el Servicio Civil británico.

[4]​ Cofundó la Liga Gaélica en 1893, junto con Douglas Hyde; MacNeill fue secretario sin retribución entre 1893 a 1897, tras lo que pasó a ser el editor inicial del diario oficial de la Liga An Claidheamh Soluis (1899–1901).

En 1908, fue nombrado profesor de historia antigua irlandesa en el University College Dublin (UCD).

Douglas Hyde, el otro cofundador de la Liga, protestante y no político, que había sido su Presidente durante 22 años, dimitió inmediatamente después.

Los Voluntarios irlandeses estaban infiltrados por la IRB, que planeaba utilizar a la organización para lanzar una rebelión armada con el propósito de lograr la secesión de Irlanda del Reino Unido y establecer una República irlandesa.

No obstante, después de que el cargamento fuera interceptado y Casement detenido, se enfrentó con Patrick Pearse, que se negó a detener el Alzamiento.

MacNeill envió contraórdenes escritas a todas las unidades de Voluntarios del país y publicando un anuncio en el Sunday Independent cancelando las maniobras previstas.

[15]​ Dos de sus otros hijos, Niall y Turloch, así como sobrino Hugo MacNeill, sirvieron en el Ejército del Estado Libre.

[16]​ Uno de Eoin hermanos, James McNeill, era el segundo y Gobernador penúltimo-General del Estado Libre irlandés.

Sus desacuerdos y disputas con Goddard Henry Orpen, particularmente sobre el libre de este último, Ireland under the Normans generó controversia.

Dedicó sus últimos años al estudio y publicó numerosos libros sobre historia irlandesa.