Ensayo de ligación de oligonucleótidos

En primer lugar, se realiza una PCR con oligonucleótidos específicos para el fragmento de ADN que queramos analizar.

Los otros dos oligonucleótidos (primers B) son iguales y se unen al otro extremo de la cadena, pero se diferencian entre sí en que uno se unirá específicamente al ADN mutado mientras que el otro lo hará a la cadena silvestre, ya que en este caso la zona de hibridación sí contiene la mutación.

Por tanto, para un alelo en concreto vamos a tener el primer A con el mismo color, y la longitud de la cola del primer B nos permite distinguir si se trata del alelo silvestre o de la mutación.

Mediante electroforesis capilar podemos separar los fragmentos por tamaños y, además, podemos detectar los colores de los fluorocromos.

Las longitudes de los fragmentos es algo totalmente arbitrario, por ejemplo, puede haber una deleción y se puede poner un primer con una cola más larga.