También recibe este nombre la separación electrocinética realizada en canales de micro y nanofluidos.
la técnica tiene un gran poder de resolución, habiéndose desarrollado métodos que permiten separar incluso moléculas neutras.
También se pueden concentrar o "focalizar" mediante gradientes de conductividad y pH.
Como consecuencia de este campo eléctrico, se produce lo que se denomina movilidad electroforética, que hace las moléculas catiónicas migren hacia el polo negativo y las aniónicas hacia el polo positivo.
Dentro del capilar de separación se encuentra la disolución que contiene los analitos o las moléculas a separar y el tampón o medio electrolítico que es el encargado de conducir la corriente.
Los extremos del capilar se colocan en sendos depósitos con la disolución amortiguadora y los electrodos de platino.
La causa del flujo electroosmótico es la doble capa eléctrica que se forma en la interfase sílice-solución.
El capilar contiene un tensioactivo a un nivel de concentración en el cual se forman micelas.
Las micelas se forman en disoluciones acuosas cuando la concentración de una especie iónica que tiene una cadena larga hidrocarbonada se aumenta por encima de un cierto nivel llamado concentración micelar crítica (cmc).
Las micelas constituyen una segunda fase estable que puede unirse a compuestos no polares y por consiguiente, poco solubles en el medio acuoso tamponado.
Esta circunstancia permite que mediante esta modalidad se puedan separar sustancias con poca polaridad.
La inducción del alto potencial eléctrico permite: 1) que la separación sea más sensible entre las diferentes moléculas (aumento de la resolución) y 2) que el tiempo de análisis sea más corto.
Además el consumo de muestra y reactivos es muchísimo menor por lo que se la puede considerar una técnica más limpia.
En los últimos años, la EC ha contribuido al fortalecimiento de la ciencia y la medicina moderna.
Los resultados obtenidos en electroforesis capilar con fines diagnósticos pueden presentar ciertas anomalías que dificultan su interpretación.
En ocasiones, la ADN polimerasa sintetiza el producto de PCR con un nucleótido menos del que debería (normalmente cuando la hebra molde acaba en adenina).
Esto resulta en la aparición de un pico ligeramente más pequeño pegado a otro mayor.