En 1901 contrajo matrimonio con Consuelo Roxas de Ayala, quien fallecería siete años después, en 1908.
[2] Volvió a contraer matrimonio en segundas nupcias en 1911, cuando se casó con Fermina Montojo de Torrontegui.
[2] Tras su regreso a Filipinas (ahora bajo ocupación norteamericana), se convirtió en socio gerente de la empresa «Ayala y Compañía».
En 1920 instituyó el Premio Zóbel,[4] que hasta el día de hoy sigue entregándose.
[6] El propio Enrique Zóbel se convirtió en vicecónsul "oficioso" del bando sublevado en Manila —otro potentado español en Filipinas, Andrés Soriano, fue nombrado cónsul—[7] y en una de las principales figuras de la Falange Filipina.