[4]​ En 1922, Roland Thaxter revisó la taxonomía de la familia Endogonaceae, reconociendo cuatro géneros: Endogone , Sphaerocreas, Sclerocystis y Glaziella.

[6]​[7]​ El nombre genérico se deriva de las palabras griegas endo (interior) y gone (órganos reproductivos).

Dependiendo de la especie, se ha observado que los esporocarpos tienen olor a cebolla, azúcar quemada o pescado.

[9]​ Endogone crece en el suelo, en madera podrida, sphagnum u otro material vegetal, ya sea como detritívoro o asociados ectomicorrízicos.

Por ejemplo, se sabe que los hongos Endogone crecen en las dunas de arena, un sustrato deficiente en nutrientes.