[2]​ Su primera temporada como tal se dio en 2024, cuando participó de la División Intermedia.

Su primer partido fue ante el Club Atlético Colegiales, que acabó ganando por 1 a 2, sus dos primeros goles fueron hechos por Ronald Acuña Giménez y Alex Garay.

En la segunda jornada se dio su primer empate, 0-0 contra el Atl. 3 de Febrero y posteriormente en la tercera jornada se dio su primera derrota 1 a 0 ante el Club Fernando de la Mora.

Su mayor victoria a favor fue ante el Atl. Colegiales, al cual goleo por 5 a 1 en la jornada 16 el 12 de julio, por otro lado su peor derrota fue un catastrófico 5-1 en contra ante el Resistencia Sport Club, que había descendido la temporada pasada de la Primera División.

Su primer partido fue en la Fase 2 Nacional, en lo que fueron los treintadoceavos de final, dónde Encarnación venció por 0-3 al Deportivo Pinozá (en ese entonces en la cuarta división).