Su madre fue la Emperatriz (Kōgō) Sadako (禎子内親王), tercera hija del Sanjō Tennō; sería el primer emperador en 170 años (desde el Emperador Uda) cuya madre no fue descendiente del clan Fujiwara.

El Príncipe Imperial Takahito no fue descendiente del clan Fujiwara, por lo tanto el kanpaku Fujiwara no Yorimichi lo trató de manera negligente, pero el Emperador Go-Suzaku decretó tras la ascensión al trono de su hermano mayor (el Emperador Go-Reizei) que el Príncipe Imperial Takahito sería el heredero al trono.

El hermano menor de Yorimichi, Fujiwara no Norimichi asumió como kanpaku, pero el Emperador Go-Sanjō determinó gobernar personalmente.

El Emperador Go-Sanjō planeó establecer un gobierno enclaustrado, pero falleció por enfermedad al año siguiente.

El túmulo dedicado al Emperador Go-Sanjō se conoce como Shu-zan; y la tumba fue hecha a través de una restauración de los sepulcros imperiales a finales del siglo XIX por el Emperador Meiji[4]​ Kugyō (公卿) es el término colectivo para los personajes más poderosos y directamente ligados al servicio del emperador del Japón anterior a la restauración Meiji.