Haïm creció en París, y fue criada como católica a pesar de que su padre es judío.

William Christie la invitó a trabajar con su conjunto Les Arts Florissants, como intérprete de continuo y asistente musical.

También trabajó con Daniel Harding y Claudio Abbado, mientras acompañaba a varias cantantes como Cecilia Bartoli, Patricia Petibon, Sandrine Piau .... Después de varios años, Haïm dejó Les Arts Florissants para convertirse en directora de orquesta.

En 2000, formó su propio conjunto de la época barroca, "Le Concert d'Astrée", con el que ha dirigido y realizado giras regularmente[5]​ tanto en Francia como en el extranjero.

La orquesta interpreta tanto Rameau o Lully como en Monteverdi, Purcell, Haendel o Mozart, de París a Nueva York y muchos festivales en Francia y en el extranjero - Londres, Berlín, Salzburgo, Ámsterdam -.

Este éxito se coronó en 2003 con la Victoire de la Musique Classique premiando al mejor conjunto del año.

Durante las producciones de ópera escénica, Emmanuelle Haïm y Le Concert d'Astrée colaboran con grandes nombres de la puesta en escena como Jean-François Sivadier, Jean-Louis Martinoty, Robert Wilson, Robert Carsen, David McVicar, Giorgio Barberio Corsetti, Sandrine Anglade.

En 2012, dirigió The Concert d'Astrée en Médée de Marc-Antoine Charpentier en el Théâtre des Champs-Élysées.