Era el único hijo del príncipe Emmanuel de Anhalt-Köthen con su esposa, Ana Leonor, hija del conde Enrique Ernesto de Stolberg.
La princesa viuda Ana Leonor gobernó sobre Köthen por casi veinte años, hasta su muerte en 1690, y después el príncipe Juan Jorge II de Anhalt-Dessau le sucedió en la regencia por los siguientes dos años, hasta enero de 1692, cuando Emmanuel Lebrecht fue formalmente declarado un adulto y tomó el control del gobierno de su territorio.
Después de la muerte de la princesa viuda y la asunción formal del gobierno del principado, Emmanuel Lebrecht fue a buscar a Gisela Inés y finalmente contrajeron matrimonio en una ceremonia secreta en Nienburg el 22 de mayo (30 de septiembre según algunas fuentes) de 1692.
En 1702, hizo un testamento en el que introducía el principio de primogenitura en Köthen; posteriormente, hubo una disputa entre los dos hijos varones supervivientes, Leopoldo y Augusto Luis.
Emmanuel Lebrecht murió dos años más tarde dejando a un infante sucesor, Leopoldo, quien reinó hasta 1715 bajo la regencia de su madre.