Emily Alvarado debutó en 2013 con la Selección Nacional Sub-17 en el Campeonato Femenino Sub-17 de la Concacaf de 2013.
En las semifinales México y Estados Unidos empataban 1-1, Emily Alvarado atajó 2 penales y clasificó a la Copa Mundial Sub-17 de Costa Rica 2014, eliminando y dejando a Estados Unidos sin posibilidades para clasificar al Mundial de Costa Rica 2014.
[2] Posteriormente atajó 2 penales en la final ante Canadá y México obtuvo su primer título oficial de Selecciones Nacionales Femeninas en la CONCACAF.
En las semifinales atajó 2 penales ante Canadá y aseguró su pase a la Copa Mundial Sub-20 de Francia 2018.
En la final (ante Estados Unidos) nuevamente atajó 2 penales y México finalmente levantó el título Sub-20.