Fue consejero del Instituto Federal Electoral y posteriormente diputado por el Partido de la Revolución Democrática.

[cita requerida] Es licenciado en economía por el Instituto Tecnológico Autónomo de México y licenciado en Derecho por la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), doctor en gobierno (administración pública) por la Universidad de Harvard y doctor en Derecho por la UNAM.

[1]​[2]​ Emilio Zebadúa fue miembro del Consejo Ciudadano que administró el Instituto Federal Electoral durante las elecciones de 2000.

[cita requerida] Posteriormente, fungió como presidente de la Fundación SNTE.

[4]​[5]​ En noviembre de 2020, el diario Reforma publicó un artículo en el que señalaba que Zebadúa sería un testigo colaborador, revelando la posible participación de Rosario Robles y el expresidente Enrique Peña Nieto en la estafa maestra.