Luego se convirtió en profesor en Tours (1865), Clermont-Ferrand (1866), Lyon (1873) y París (1878).
Duclaux pantalló estudios sobre la filoxera; una peste áfida que plagó los viñedos de uvas.
En 1887, junto a Charles Chamberland, Jacques-Joseph Grancher, Edmond Nocard y Pierre Paul Émile Roux perteneció al primer tablón editorial del Instituto Pasteur.
Duclaux fue un escritor prolífico, algunas de sus mejores publicaciones fueron Traité de microbiologie, L'hygiène sociale, Ferments et maladies y Pasteur, histoire d'un esprit, el cual fue una biografía dedicada a Pasteur.
La segunda esposa de Duclaux Agnes Mary Frances Duclaux (nombre de soltera Agnes Mary Frances Robinson) fue una conocida autora, y su hijo Jacques Eugène Duclaux fue un químico muy bien considerado.