Dos años más tarde, lanzó su primer álbum homónimo, Ely Guerra (1992/1995/1997), e incluye tracks como: Júrame (original de María Greever), Atada a tu piel, Las Gafas de Lennon, Atrévete, Quiero Verte, etc. Al terminar su contrato con BMG, Ely se incorporó a EMI.

Ely fue nominada en las categorías "Mejor Artista Femenino" y "Mejor Artista Alternativo" en los premios MTV Music Awards Latinoamérica (2002), Ely también formó parte de las actuaciones de esta premiación con el tema "Olor A Gas" junto a Café Tacvba, Álvaro Henríquez, Javiera Parra y Erica García.

Este álbum incluye temas como: «Te Amo, I Love You», «Ojos Claros, Labios Rosas», «Mi Playa», «Más Bonita», «Lucrecia y Rigoberto» (canción que hace referencia a la novela del escritor peruano Mario Vargas Llosa - Los cuadernos de Don Rigoberto), «Para ti», y «Quiéreme Mucho».

En octubre de 2007 interpretó en colaboración con el grupo americano 30 Seconds To Mars la canción "From Yesterday" en los MTV Awards.

En noviembre de ese mismo año lanzó su quinto material discográfico titulado "Hombre invisible", cuyo primer sencillo fue "Stranger".

En este álbum colaboró con músicos como Álvaro Henríquez (Los Tres de Chile), Enrique Bunbury, Gilberto Cerezo (Kinky), Gustavo Santaolalla, Juanes, Pablo Gigliotti, Emmanuel “Meme” Del Real (Café Tacvba) y Horacio Franco.

En 2010 Ely Guerra colaboró con el grupo Minus The Bear en su álbum "Omni" con la canción South Side Life.

Ese mismo año, ganó el Grammy Latino al mejor álbum de música alternativa por Hombre Invisible.

En la Ciudad de México participó en Reactor 105.7, con el conductor Miguel Solís y en Canal 22, en un programa conducido por la cantante Eugenia León.