Nacido en Chicago, Illinois, fue un colaborador del director D. W. Griffith.

En la era sonora, Clifton escribió y dirigió muchos westerns de bajo presupuesto, además del film Assassin of Youth (1937), dirigido a la lucha contra el cannabis.

Su película Not Wanted (1949), fue finalizada por la directora y actriz Ida Lupino, ya que Clifton enfermó durante el rodaje.

Elmer Clifton falleció en Los Ángeles, California, en 1949 a causa de una hemorragia cerebral poco después del estreno de Not Wanted.

Fue enterrado en el Cementerio Forest Lawn Memorial Park, en Glendale (California).