En 1996, durante las investigaciones que siguieron al caso Dutroux, el taxi-boy Olivier Trusgnach lo acusó de haber mantenido relaciones sexuales con él cuando era menor de edad.

[3]​ Di Rupo fue exculpado de abuso sexual infantil pero reconoció su homosexualidad.

[4]​[3]​[5]​ Sin embargo el tema continuó siendo un escándalo durante mucho tiempo y sale permanentemente a flote cada vez que hay alguna discusión política.

[6]​[7]​ En 1999 dejó el gobierno federal y pasó a ser presidente de la Región Valona; meses después se convirtió en el presidente de su partido.

Tras la crisis política posterior que mantuvo a Bélgica sin gobierno durante 541 días, fue designado primer ministro por el rey Alberto II el 5 de diciembre de 2011,[8]​ tomando posesión del cargo al día siguiente.