Elduayen se originó probablemente como una forma sincopada de la expresión en lengua vasca Eldua goien (lugar más alto de Eldua), según refiere Luis María Mujika.

Del topónimo "Elduarain" referido al río que cruza el valle puede inferirse que se refiere a "Eldu-aran-goien", es decir, la cabecera superior del valle de Eldua.

Aunque Eldua es el nombre del núcleo de población más cercano a Elduayen valle abajo, no cabe suponer que Eldua sea una población más antigua y que Elduayen surgió originariamente como un barrio alto de Eldua y que creció hasta superar al núcleo original, porque los topónimos surgen como denominaciones de lugar y no vinculados a un núcleo poblacional.

Hasta finales del XX fue la forma popular utilizada para denominar a la población al hablar en lengua vasca.

[3]​ Por no corresponder legalmente la corporación al PP, que había obtenido 1 solo voto frente a 83 nulos en las elecciones municipales del 2007, se creó una Gestora local de ciudadanos de la propia localidad dispuestas a asumir las responsabilidades de gestión del municipio.