[3]​ La Pirámide sufrió bastante el deterioro debido al abandono de los habitantes de la ciudad en el 250 d. C. y la actividad humana en siglos venideros.

[4]​ Varias evidencias arqueológicas encontradas durante el siglo XX sugieren que la superestructura del montículo 101 en su época de mayor esplendor medía aproximadamente 32 metros de norte a sur por 20 de este a oeste en su eje largo con cara a la plaza Principal hacia el este era de una construcción hecha de postes y tejidos y su dimensión completa sobrepasaba la de muchas iglesias coloniales fundadas en el valle siglos después por los españoles.

Agujeros en donde se sembraron los postes, midiendo en promedio 30 cm de diámetro y hasta 3 m de profundidad, se encontraban espaciados a lo largo del eje central de este a oeste cada 3 o 4 m Un segundo juego de postes de tamaño similar estaba localizado aproximadamente a 8 m al norte y sur del eje central a lo largo del frente de la estructura, pero las restricciones por causa del escaso tiempo impidieron descubrir los lados interiores o las paredes posteriores en el interior.

Tras la rehabilitación del sitio arqueológico la pirámide empieza a ser mayormente cuidada para evitar el saqueo de la misma y acelerar el proceso de deterioro que esta ha sufrido a lo largo de los siglos.

Sin embargo las autoridades de la alcaldía han planeado restaurarla.