Los orígenes de la población que hoy es El Rosario están en la antigua Hacienda del Rosario, localizado en donde hoy se encuentra la población y de la que recibe su nombre.

Posteriormente el Fondo de la Vivienda para los Trabajadores del Estado (FOVISSSTE) y el Instituto del Fondo Nacional para la Vivienda de los Trabajadores (INFONAVIT) construyeron numerosas casas habitación, que elevaron la población de la nueva localidad y constituyeron un importante asentamiento dedicado fundamentalmente a habitación.

[5]​ Sin embargo tal crecimiento poblacional ha generado un conflicto social entre los habitantes de El Rosario, que son la mayor población de municipio, con los de la cabecera municipal, San Sebastián Tutla, de la que se encuentran territorialmente aislados, pues El Rosario constituye un exclave del territorio municipal, separada por el territorio de Santa Cruz Amilpas.

Este conflicto ha causado enfrentamientos violentos entre las partes reclamantes.

Se encuentra localizado en las coordenadas 17°02′40″N 96°41′30″O / 17.04444, -96.69167 y tiene una altitud de 1 546 metros sobre el nivel del mar.