El Ejército del Shenandoah fue una organización militar de la Confederación para defender el valle de Shenandoah, en Virginia.

Su organización se hizo a través de las milicias y voluntarios para defender el departamento de Shenandoah, en el fronterizo y vital Estado de Virginia.

Lee pensó en Thomas Jackson (más tarde apodado Stonewall Jackson), pero finalmente el mando fue dado a Joseph E. Johnston el día 15 de mayo.

En su corto periodo de vida estuvo luchando en dos batallas, en la batalla de Hainesville y en la Primera batalla de Bull Run, estas operaciones se constituyeron a lo largo del Potomac.

Después de la batalla de Manassas el ejército fue disuelto y unido al conocido como Ejército del Potomac.