El matrimonio se mantuvo en secreto hasta el siguiente agosto, cuando Catalina estaba visiblemente embarazada y se vio en la necesidad de confesar la verdad a Lord Robert Dudley.
Ambos fueron encarcelados en la Torre de Londres e interrogados sobre su matrimonio, aunque ambos afirmaron no recordar la fecha del mismo.
Se formó una comisión liderada por el arzobispo Matthew Parker en febrero de 1562 a quienes confesó que habían esperado a que la reina partiera hacia Eltham Palace.
Su hijo Edward fue declarado ilegítimo, igual que sería considerado su hermano Thomas, y al padre se le multó a pagar quince mil libras por "seducir a una doncella de sangre real".
Aparentemente el conde siguió manteniendo vida marital en Torre con su esposa, pues, Thomas Seymour nació en septiembre de 1563.