Tras su graduación, solicitó una beca, y un año de residencia en los hospitales del área de Boston, uniéndose a la United States Army Air Corps, sirviendo como jefe asistente, luego jefe, del servicio del laboratorio service en el Lincoln Air Force Base procedente de 1942-1944, y en el laboratorio del servicio para los Rheumatic Fever Research Program de los USAAF en Gowen Field en el periodo 1944-1945.
Cuando la guerra acabó, Freis regresó a Boston, solicitando de nuevo un puesto como investigador en el Evans Memorial Hospital, donde trabajó bajo las órdenes de Robert Wilkins.
[2] Freis encuentra al Doctor Chester Keefer, quien hizo experimentos con penicilina, y recibe una fuerte influencia para hacer de su carrera un investigador.
En 1954 Freis fue promocionado como jefe del Servicio Médico, y en 1959, fue nombrado igualmente nominado como Senior Medical Investigator.
El estudio fue uno de los primeros ensayos clínicos doble ciego realizado en Estados Unidos.