Se dice que Thompson fue el creador de la frase «No estoy ni ahí», surgida durante una rutina con Guillermo Bruce.

[1]​[2]​ En sus últimos años, fue humorista estable en el programa de Mega Morandé con Compañía, donde participaría en sketches como «La escuelita», encarnando a «Lalito».

En junio de 2005, Eduardo Thompson sufrió un accidente en su casa, tras haberse quemado con agua caliente por su insensibilidad (provocada por la diabetes).

Su esposa, María Angélica Arancibia, no descartó presentar acciones legales por negligencia médica,[5]​ aunque hasta la fecha no existe constancia de que estas acusaciones se hayan llevado a la justicia.

El sábado siguiente a su fallecimiento, Mario Kreutzberger "Don Francisco" hizo un reconocimiento por escrito sobre su pesar por la muerte del comediante, agradeciendo su permanencia por largos años en su programa Sábado Gigante cuando era producido en Chile, al mismo tiempo expresó condolencias a su familia y amigos.