Esa terrible experiencia la relató en su libro 18 meses de cautiverio.

Durante la ocupación española en Cuba, Eduardo Pérez recibió una mención honorífica y dos cruces de primera clase del Mérito Militar, con distintivo rojo, por su comportamiento frente al adversario, así como también la genérica Medalla de Cuba.

Por su obra Guerra de partidas, sobre el conflicto en las Antillas, recibió una mención honorífica.

Por otra obra suya, Alza automática para Artillería de costa, en 1913 recibió otra cruz de segunda clase del Mérito Militar con distintivo blanco.

Y por último, aunque no se trata de una condecoración propia, su testimonio fue requerido a la hora de realizarse un expediente destinado a otorgar la máxima condecoración militar española, la Laureada, al Regimiento de Caballería Alcántara.