Ya en el gimnasium, en Krems an der Donau, Fenzl se ocupó del estudió de la flora.

En 1825 se inscribe en el Departamento de Medicina en Viena.

En 1833 defendió su tesis de grado de doctor en medicina: "Versuch еinеr Darstellung d. geographischen Verbreitungs- und Vertheilungs-Verhältnisse d. natürlichen Familie der Alsineen in der Polaregion und eines Theiles der gemässigten Zone der alten Welt".

Aquí Fenzl ayudó a Endlicher en el desarrollo de "Genera plantarum", después de monografiar las familias Cyperaceae, Chenopodeae, Amarantaceae, Mesembryanthemeae, Portulaceae, Caryophylleae y Phytolaccaceae.

En 1840 Endlicher asciende en el Departamento de Botánica, y Fenzl ocupó su lugar del encargado.