[2] Es la primera en formarse, durante la fase de blástula del desarrollo embrionario y más adelante da lugar a las otras dos durante la gastrulación.
De forma general, el ectodermo se diferencia para formar el sistema nervioso (médula espinal, nervios periféricos y cerebro), el esmalte dental y la epidermis (las partes externas del integumento).
También forma el revestimiento de la boca, ano, fosas nasales, glándulas sudoríparas, pelo y uñas.
El biólogo ruso Heinz Christian Pander fue el primero en describir las tres capas germinales que se forman durante la embriogénesis.
A partir del ectodermo externo se diferenciarán los tejidos epiteliales:[4] A partir de la cresta neural se forman los melanocitos, el sistema nervioso periférico, el cartílago facial y los dientes.