Los Vengadores eventualmente derrotan al Escuadrón y ellos a su vez son abandonados por el Gran Maestro.
[3] Durante una batalla posterior con la Mole, Pantera Negra y Hermano Voodoo, Obatu cae accidentalmente a su muerte.
Los villanos reciben mayor poder a cambio del planeta Tierra, y crean un cañón láser gigante en el Ártico para derretir los casquetes polares, haciendo así que la totalidad de la superficie terrestre quede cubierta de agua.
Krimonn, la entidad dentro del Poder Prisma, posee a Jan y la transforma en una vil mujer Doctor Espectro, que lucha contra varios Vengadores pero luego es derrotada por el uso de la visión de la debilidad ultravioleta del Prisma (Krimonn asumió en su arrogancia que Iron Man había mantenido la información para sí mismo en lugar de compartirlo con los demás, por lo tanto 'renunciar a una ventaja').
El Poder Prisma tiene éxito en tomar a Thor como anfitrión, usar como punto focal para controlarlo y derrotar a los otros Vengadores, pero no toma en cuenta que para ejercer el Mjolnir, Thor debe ser "digno".
Ya no es digno de empuñar el martillo debido a que está manchado por la gema, Thor deja caer a Mjolnir y regresa a su alter ego mortal, Donald Blake durante una pelea con Iron Man, lo que hace que el prisma pierda el control y se vuelva inerte, aparentemente para siempre.
[8] El Gran Maestro reaparece y reforma el Escuadrón Siniestro: un Hyperion aparentemente resucitado se une al Whizzer (ahora llamado Speed Demon); Nighthawk y un nuevo Doctor Espectro (con Poder Prisma) -Alice Nugent, ex asistente de laboratorio de Henry Pym.
Después de una escaramuza inicial con cuatro Vengadores, los equipos se unen para detener una amenaza común.
[19] Todo el Escuadrón Supremo aparece en una historia de dos partes con los Vengadores que finalmente los devuelve a su universo natal, donde se disuelven por un tiempo.
[23] Operando con un uniforme de estilo militar en lugar de un disfraz prismático, el Doctor Espectro se encuentra y lucha contra Hyperion, estableciendo una tregua con él para perseguir a un asesino en serie superpotente, Michael Redstone.
[24] Ambos finalmente se unen al Escuadrón Supremo respaldado por los Estados Unidos en el título del mismo nombre de 2006.
La versión Escuadrón Siniestro de Nighthawk más tarde se ve examinando el cristal incrustado en su cadáver.
[27] Todas las versiones del Doctor Espectro derivan sus habilidades de una gema alienígena llamada Poder Prisma.