La división estuvo completamente operativa desde el 1 de mayo con uniformes, armamento y municiones proporcionados por las SS nazis, pero con apenas 6500 integrantes no tenía el tamaño esperado para una división de las Waffen SS (oficialmente, estas divisiones comprendían al menos de 10.000 a 12.000 hombres).
Ante tal situación esta unidad fue destinada, aunque aún no estaba completa, a las operaciones antipartisanas al norte de Montenegro e igualmente contra los partisanos comunistas albaneses liderados por Enver Hoxha.
Por todo ello, la desmoralización comenzó pronto entre esta tropa y se produjeron deserciones masivas.
Para colmo, las tropas albanesas atacaban continuamente villorios serbios, dedicándose al saqueo, asesinatos, y violaciones, y descuidando la lucha antipartisana, que era el principal interés del mando militar alemán.
Ante las renovadas quejas del Grupo de Ejércitos Sur contra los reclutas albaneses, el 24 de octubre Heinrich Himmler dispuso que la SS Skanderbeg fuera disuelta definitivamente, para entonces la división estaba formada por 86 oficiales y 467 suboficiales (todos alemanes), y 900 soldados, de los cuales solo la mitad eran albaneses.