Fue compañero del cardenal Cisneros, con el que vivió la gran reforma católica emprendida por los Reyes Católicos y, debido a su gran conocimiento teológico y escriturista, se convirtió en su secretario y confesor entre 1501 hasta el fallecimiento del cardenal en 1523.

El templo no solo proporcionó un uso religioso, sino que cobijó a los fieles cuando se daban ataques de piratas berberiscos en la costa.

La situación que encontró, exigía un hombre de un temple excepcional: una diócesis en la que no habían residido sus pastores, en la que gran parte de la población eran conversos o nuevos cristianos, comenzando la repoblación y amenazados por la pobreza y la piratería berberisca.

[2]​ Según cuenta una leyenda, un perro entró en las obras de la catedral cuando se estaba construyendo, comenzó a ladrar y salió corriendo del templo.

El obispo Villalán y los albañiles salieron al exterior para ver qué le sucedía, derrumbándose acto seguido la estancia en la que se encontraban justo antes.