En aquella ocasión, Páez no llegó a través de elecciones, sino que asumió tras el golpe de Estado al presidente Pedro Gual, quien fue arrestado con su visto bueno y luego exiliado.

[3]​ Ejerció como dictador entre 1861 y 1863, dedicando sus esfuerzos a ganar la guerra, mientras que el gobernante de facto fue su ministro Pedro José Rojas.

Páez volvió a Caracas en 1859, año en el que había estallado la Guerra Federal.

Los seguidores de ambos tuvieron fuertes disputas y diferencias, y los dos terminaron por renunciar a sus cargos, asumiendo el vicepresidente Pedro Gual y nombrando a Páez nuevamente comandante en jefe del ejército, hasta que Gual le pidió su dimisión a Páez en 1861, producto de la desconfianza que le había generado.

[3]​ Durante todo su gobierno comandó la lucha centralista en la Guerra Federal del lado del Partido Conservador y en contra de los rebeldes federales, que finalizó con un tratado firmado por Páez y Juan Crisóstomo Falcón, donde se estableció una Asamblea de Plenipotenciarios en junio de 1863 que nombró a Falcón presidente provisional, terminando con la dictadura y la influencia de Páez en el país definitivamente.