La diócesis de Santo Domingo en Ecuador (en latín: Dioecesis Sancti Dominici in Aequatoria) es una circunscripción eclesiástica de la Iglesia católica en Ecuador.

Durante la época colonial visitaron la selva ecuatoriana, casi inaccesible, los misioneros dominicos de los cuales Santo Domingo recibe su nombre.

En 1950 llegaron las Hermanas Lauritas como misioneras de los tsáchilas; en 1953 las Hermanas de la Caridad para la pastoral, posteriormente se ocuparon del hospital.

Los Hermanos Maristas llegaron en 1967 para la educación de la juventud.

[5]​ El único obispo prelado fue Emilio Lorenzo Stehle, elegido al mismo tiempo de la erección de la prelatura territorial.