La diócesis de San Marcos (en latín: Dioecesis Sancti Marci in Guatimala) es una circunscripción eclesiástica de la Iglesia católica en Guatemala.

La diócesis tiene 3791 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en el departamento de San Marcos.

La sede de la diócesis se encuentra en la ciudad de San Marcos, en donde se halla la Catedral de San Marcos.

La diócesis de San Marcos fue erigida el 10 de marzo de 1951 con la bula Omnium in catholico del papa Pío XII, derivando el territorio de la diócesis de Los Altos (hoy arquidiócesis de Los Altos, Quetzaltenango-Totonicapán).

Según el Anuario Pontificio 2023 la diócesis tenía a fines de 2022 un total de 738 493 fieles bautizados.