El club descendió por primera vez en su historia a la segunda división luego de la derrota por 0–1 ante San Lorenzo en la 18.ª fecha del Torneo Final 2013.

El Club Atlético Independiente es un club deportivo que tiene su sede social y su estadio en la ciudad de Avellaneda, Provincia de Buenos Aires, en el sur del Gran Buenos Aires.

Es considerado, junto a Racing Club, Boca Juniors, River Plate y San Lorenzo, uno de los cinco grandes del fútbol argentino, a partir del momento en que la AFA dispusiera la implementación del llamado "voto proporcional" en 1937, que consistía en darle mayor poder de decisión a aquellos clubes con mayor número de socios, mayor antigüedad y mayor cantidad de títulos.

[1]​ Actualmente, Independiente ha conseguido 18 títulos internacionales oficiales para la Conmebol, posicionándose como uno de los clubes más ganadores del mundo.

Además, el equipo mantuvo la posibilidad matemática de ser campeón hasta la 17.ª fecha, donde cayó derrotado 1-2 por Lanús.

En la fecha 5 se produjo la salida de Antonio Mohamed como entrenador, luego de la derrota como local en el Libertadores de América contra Boca por 0-1 (Previamente había perdido las finales de Suruga Bank y Recopa Sudamericana) , en la cual barra bravas del club se manifestaron en la puerta del hotel donde se alojaba el plantel profesional, en donde clamaron por la salida del técnico, llegando a tocar la marcha fúnebre en repudio al mismo.

[4]​ Posteriormente se produjo el primer interinato de Cristian Díaz al frente del plantel, donde Independiente ganó el partido pendiente de la 1.º fecha ante los sanjuaninos por 2-1 y cayó ante Belgrano por 2-0, dejando su lugar al laureado entrenador Ramón Ángel Díaz.

En lo futbolístico, el equipo se preparaba para afrontar el desafío de igualar o superar lo realizado por en el torneo anterior, puesto que la amenaza del promedio podría llegar a afectar al club de cara a la temporada siguiente, puesto que se irían los 68 puntos obtenidos en la 09/10, bajo la dirección técnica de Américo Rubén Gallego.

Contra todos los pronósticos, Independiente ganó el partido en un espectacular desenlace, por un emotivo 5-4, con una destacada actuación del Tecla Farías, quien anotó un triplete pese a tener uno de sus ojos hinchados por un golpe recibido.

Posteriormente, estos buenos resultados conseguidos en esas tres fechas, quedaron olvidados tras entrar el equipo en una racha negativa, en la cual obtuvo solamente 6 de los 27 puntos en juego, solamente pudiendo ganarla a Banfield (que a la postre descendería) en la 12.º fecha por 2-0.

Llegaron como refuerzos jugadores experimentados, tales como Víctor Zapata, Cristian Tula, Jonathan Santana, Claudio Morel Rodríguez, Fabián Vargas, Paulo Rosales, Luciano Leguizamón y Roberto Russo.

Sin embargo, los resultados no pudieron sostenerse e Independiente no volvió a conocer la victoria hasta el Torneo Final, lo cual acrecentó más el riesgo de perder la categoría.

Con un panorama poco alentador, se contrata a Miguel Ángel Brindisi para intentar torcer el rumbo.

Debuta cayendo por 0-2 ante Atlético en Rafaela, pero el equipo se recupera y vence al Argentinos Juniors de Caruso Lombardi (3-1), Tigre (2-0) y San Martín (3-1), con un doblete del delantero Caicedo.

En esa tarde, para evitar especulaciones con los resultados, se enfrentaron en el mismo horario que San Martín-Estudiantes y Argentinos-Colón.

Al término de la primera etapa, San Martín gana por la mínima, mientras que Argentinos empata sin goles con Colón, resultados que dejan en ese momento a Independiente sin chances de mantener la categoría.

[10]​ A pesar de todo, los hinchas del rojo desmostraron su amor por el club con un emocionante aliento incondicional al equipo ya descendido.

[12]​ El Diario Lance de Brasil titula "Independiente perde e cai pela primeira vez para a Segundona argentina" (Independiente pierde y cae por primera vez a la Segunda argentina).

[15]​ En Chile, El Mostrador comunica "Independiente de Avellaneda cae ante San Lorenzo y desciende a la B".

[16]​ En Italia, la Gazzetta dello Sport se hace eco de la noticia y publica "Independiente retrocesso in serie B E' la prima volta nella storia"(Independiente retrocede a la Serie B.

[26]​ En 2017, con un Independiente ya ascendido, el equipo conseguiría levantar la Copa Sudamericana venciendo al Flamengo en la final.