Actualmente juega en la Segunda División de Venezuela y disputa sus partidos como local en el Estadio José Alberto Pérez.El jugador del trujillanos más destacado de este certamen fue Robson Chagas, brasileño que anotó 5 goles.Sin embargo, los propietarios de aquella época deciden la mudanza de la franquicia a Barquisimeto, dando paso al Club Deportivo Trujillanos, equipo que participa en la temporada 1998/1999 en la segunda división y logra el inmediato regreso a la primera división.En la temporada 2000/2001 obtiene un nuevo subcampeonato y clasifica a la liguilla Pre-Libertadores, gracias al gol de su figura, el argentino Heber Prida, quien es llevado en andas luego del encuentro.Sin embargo, en el siguiente enfrentamiento entre estos dos equipos, el América, logra vencer al Trujillanos 7 a 1 en el Estadio Azteca.Durante la temporada 2002/2003 la junta directiva de entonces logra restituir el nombre a Trujillanos Fútbol Club.Trujillanos Fútbol Club atraviesa una crisis deportiva durante las siguientes temporadas y en la 2007/2008 desciende a la segunda división.[1] Para la Copa Sudamericana 2011 el Trujillanos, queda encajado en la segunda fase contra LDU Quito (quienes eliminaron previamente al Yaracuyanos Fútbol Club).En el partido de ida disputado en Quito, Juan Falcón marca el primer gol para Trujillanos, pero después terminarían siendo remontados hasta quedar 4-1.En la temporada 2011-2012 logran la décima posición, clasificándose a la Serie pre-Sudamericana donde quedan eliminados en la primera ronda por el Zamora.En mayo de 2015 se juegan los dos partidos por la estrella y campeonato absoluto del torneo venezolano.
