La cabecera del departamento fue San Javier.
El Departamento de Loncomilla limitaba: La administración estuvo en San Javier, en donde se encontraba la Gobernación Departamental.
Su primer gobernador departamental fue don Agustín del Solar.
Para la administración local del departamento se encuentra, además, la Ilustre Municipalidad de San Javier, instalada en 1874.
Las subdelegaciones restantes (1a, San Javier; 2a, Maule; 5a, Carrizal; 6a, La Huerta; y 7a, La Vaquería) del departamento con los límites que les asigna el 22 de octubre de 1888 son administradas por la Ilustre Municipalidad de San Javier.