Su nombre honra al sacerdote jesuita san Francisco Javier y el topónimo Loncomilla significa en mapudungun cabeza de oro.

San Javier fue fundada en 1852, al norte del lugar donde meses antes se desarrolló la batalla de Loncomilla, durante la llamada revolución de 1851, donde triunfaron las filas del presidente Manuel Montt.

[7]​ La ciudad está situada en la margen derecha del río Loncomilla, que posee un curso sur-norte.

A pocos kilómetros al norte de San Javier está el gran río Maule, del cual el Loncomilla es su principal afluente.

Al extremo suroeste de la comuna, corre hacia el este el río Purapel (contrariamente a la mayoría, que corren en dirección opuesta), afluente -aunque menor- del Loncomilla, que baña la comuna de sur a norte.

Históricamente, la parte este de la comuna está situada en lo que en el Chile colonial se llamaba isla del Maule, en referencia a las aguas de los ríos Maule, Loncomilla y Perquilauquén, todos interconectados; a las que debían sumarse las nieves andinas.

[14]​ La Municipalidad de San Javier para el periodo 2024-2028 es dirigida por el alcalde reelecto Jorge Eduardo Ignacio Silva Sepúlveda (Partido Demócrata Cristiano - Contigo Chile Mejor) y el concejo municipal conformado por los concejales:[15]​ San Javier forma parte de la Circunscripción Senatorial IX y del Distrito Electoral 18.

San Javier cuenta con numerosos establecimientos educacionales de nivel preescolar, básico y medio.

La ciudad cuenta con el servicio Tren Chillán-Estación Central que tiene detención en la Estación San Javier.

San Javier posee un aeródromo municipal, situado junto a la ruta 5, al sureste de la ciudad.