Fue capturado en Cali a inicios de 1994, luego de huir repentinamente del valle del Huallaga.
Además, fue sentenciado por 30 años por traición a la Patria,[2] pero fue descartado.
[3] En 1996, Peñaherrera afirmó que pagó a Vladimiro Montesinos un monto de 50 000 dólares americanos mensuales por sus operaciones de narcotráfico.
Luego de esa denuncia, Peñaherrera contó a la prensa que fue torturado, resultando en «la clavícula rota y un hueco en la cabeza».
[4][5] En 2001 se presentaron fotografía que evidenciaría actos de tortura.