Entre sus primeros éxitos figuran comedias en las que trabajó con el actor Barry K. Barnes.
Durante la Segunda Guerra Mundial rodó para la British Film Army Unit los documentales Desert Victory y Men of the Lightship, ambos considerados unos clásicos del género.
Tras la guerra dirigió The Brothers (1947, escribiendo el guion) y Christopher Columbus (1949), un espectacular fracaso.
Más adelante trabajó en producciones televisivas de carácter más comercial como The Vise (1954-55) y The Scarlet Pimpernel (1956), esta última producida por él.
MacDonald fue elogiado por sus claustrofóbicos thrillers rodados en los años de posguerra.