Bowers estudió animación en el West Surrey College of Art and Design en Farnham, pero lo dejó en el primer año para trabajar en Who Framed Roger Rabbit bajo la dirección de Richard Williams.

Con la fundación de DreamWorks SKG, Bowers se mudó a Los Ángeles para trabajar como artista de storyboard en The Prince of Egypt y en The Road to El Dorado.

Fue durante este período que conoció a Nick Park y a Peter Lord de Aardman, quienes le pidieron que les ayudara en el guion del primer largometraje de Aardman, la aclamada Chicken Run.

Después de Chicken Run, Bowers se movió entre Los Ángeles y Bristol, Reino Unido, trabajando en varios proyectos de DreamWorks y Aardman, incluyendo la comedia animada El espantatiburones y la ganadora del Óscar Wallace & Gromit: The Curse of the Were-Rabbit, antes de dirigir su primera película, Flushed Away, con Sam Fell.

Dirigió una adaptación al cine del clásico de Osamu Tezuka Astro Boy de Imagi Animation Studios y Summit Entertainment, que fue lanzada en el 2009.