[5]​ El Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Lehigh -el empleador de Behe- publicó una declaración con su posición oficial en la que señala: "Nuestra posición colectiva es que el diseño inteligente no tiene su base en la ciencia, no ha sido comprobado experimentalmente, y no debe ser considerado como científico."

La herramienta filosófica se usa comúnmente en el discurso científico, y Behe señala que la comprensión de la estructura celular y otros aspectos de la microbiología no se entendieron mucho cuando Charles Darwin estaba vivo.

Kenneth Miller describió el argumento de Behe como una versión actualizada del argumento del diseño con referencia a la bioquímica (que fue repetido por otros revisores),[10]​[11]​ y también cita áreas en la bioquímica y el registro fósil que demuestran que actualmente evolucionan sistemas irreductiblemente complejos.

[12]​ En su blog, PZ Myers lo describió como "... un ejemplo de basura pseudocientífica que ha tenido una enorme influencia".

[13]​ En una reseña para Nature, Jerry Coyne describió el libro como proveniente del creacionismo 'populista' que fracasó en tratar honestamente con la evidencia de la evolución.

Coyne también acusa a Behe de extraer citas y usar argumentos ad hominem contra los científicos mientras "acepta tímidamente" la evolución.

Behe también es criticado por afirmar que existe una conspiración de silencio entre los científicos con respecto al "fracaso del darwinismo".

[18]​ Richard Dawkins criticó el libro para The New York Times por ser lógicamente defectuoso al establecer una falsa dicotomía en la que se rechaza la evolución darwiniana a pesar de una enorme cantidad de evidencia positiva debido a una única falla aparente para explicar la complejidad irreducible.

Michael Atchison declaró que no reseñó el libro en absoluto, pero pasó 10 minutos al teléfono recibiendo una breve descripción general del libro que luego respaldó sin siquiera ver el texto.

[26]​ Si el libro se hubiera enviado a una revista revisada por pares y este comentario hubiera aparecido, la revisión proporcionada por Shapiro habría obligado a cambiar o eliminar las conclusiones sobre el diseño inteligente.

[29]​ En el mismo juicio, Behe finalmente testificó bajo juramento que "No hay artículos revisados por pares de nadie que defienda el diseño inteligente respaldado por experimentos o cálculos pertinentes que brinden informes rigurosos y detallados de cómo ocurrió el diseño inteligente de cualquier sistema biológico".