Tras comunicar su hallazgo, a Jackson se le muestra lo que yacía bajo las losas: un dispositivo circular denominado Puerta Estelar.

Sin embargo, Daniel traiciona al extraterrestre, y con la ayuda de Skaara y otros Abydonianos libera a sus compañeros, e inician una rebelión que termina por derrotar a las fuerzas de Ra.

Tras esta victoria, Daniel consigue abrir la Puerta hacia la Tierra, pero decide no regresar con el resto del equipo, debido a que desea pasar el resto de su vida en aquel lugar, junto a su esposa, Shau'ri.

O'Neill entonces regresa y según previo acuerdo con Daniel, miente diciendo a sus superiores que el Dr. Jackson murió.

Tras un año viviendo en Abydos, Daniel se reúne con un equipo venido de la Tierra, comandado por el coronel O'Neill, e integrado además por la capitana Carter.

[5]​ Poco después, una mujer (Línea) intentará seducirlo, aunque su relación no resultará debido entre otros factores a la reciente viudez de Daniel.

[7]​ Una llamada de Kasuf, su suegro, lleva a SG-1 a Abydos, donde se están produciendo unos extraños fenómenos que resultan estar relacionados con el hijo de Apophis y Sha're, quien se llama Shifu (en chino, maestro).

Sus dotes como psicólogo servirán, por ejemplo, para tratar con la androide Reese, la creadora de los replicantes.

Durante esta estancia entre los Antiguos Ascendidos, descubrirá a Anubis y conseguirá que Oma, quien le hizo ascender, se enfrente a él y le aparte del plano terrenal, dándole así la ventaja y la victoria a los Jaffa que combatían contra sus tropas.

Al desaparecer Oma, Daniel no puede ascender, y termina descendiendo en el Comando Stargate.

Langford le había dejado, descubre que Ra poseía un Módulo de Punto Cero (ZPM) aunque no conocía su verdadera utilidad.

Convence a Jack para usar el Puddle Jumper para volver al pasado y recuperarlo cargado.

Aunque no consiguen volver, por lo que se ven obligados a permanecer en el pasado.

La influencia del SG-1 en esta época propiciará la rebelión de los humanos contra el falso dios, así como instruir a algunos coetáneos en la lengua inglesa.

Desgraciadamente, la rebelión no termina como la Historia contaba y Ra se lleva la Puerta.