Junto a él llegaron al club procedentes del club 'chalaco' Mario Rodríguez, Freddy Córdova y el 'chato' Luis Quiles y todos debutaron al siguiente año.
Flores hizo su debut en 1962 a los 18 años jugando el último partido de Copa Libertadores ante Racing Club en el estadio Nacional de Lima, esa noche anotó uno de los goles en el triunfo del cuadro rimense por 2-1 bajo la dirección técnica del peruano Juan Honores.
Junto a Mario Rodríguez fueron los más novatos del Plantel que viajaron por diversos países durante tres meses en la famosa gira de los tres continentes del cuadro bajopontino.
En 1973 regresó al Sporting Cristal y se retiró en 1974 en Barrio Frigorífico.
Falleció en un fatal accidente en la década de los 90 en el Callao, lugar donde creció y vivió.