La primera disciplina que practicó el naciente club fue el fútbol, para lo cual en 1936 se afilió a la Tercera División de la Liga del Rímac.

El Centro Iqueño fue un auténtico semillero del fútbol peruano y solo sus gravísimas carencias económicas lo condenaron al descenso.

El fenecido y recordado profesor Eugenio Castañeda fue en gran parte el artífice de esa inolvidable escuela.

Lo dirigía entonces Roberto Scarone, técnico 'charrúa' que apenas tres años después entrenaría al Peñarol de Uruguay coronándolo campeón del torneo uruguayo y de la Copa Libertadores 1960, y posteriormente campeón mundial Interclubes en 1961.

Alfredo Huaranga Daga también alternó con éxito en el equipo titular durante el torneo de 1957.

Luego Carlos Linazza contratado por el Peñarol acompañó a Roberto Scarone en los éxitos que este obtuvo en el fútbol sudamericano y mundial.

El Iqueño Campeón 1957 confirmó su supremacía en el fútbol profesional peruano al ganar a inicios de 1958 la corona del torneo Apertura derrotando sucesivamente al Universitario y luego en la final al Atlético Chalaco bajo la dirección técnica el paraguayo Miguel Ortega que en esos años hizo debutar a jóvenes valores como José del Castillo (futbolista), Alejandro Zevallos, Jesús Peláez y Jorge 'Gato' Vásquez como centrales de su ataque, acompañados del talentoso y elegante volante y capitán Juan Biselach, fueron todo un deleite de exquisito fútbol para la hinchada en general a fines de la década del 50, a inicios de 1960 llegaría el lateral derecho Moises Barack.

Tras su descenso, Iqueño jugó en Segunda División hasta 1973, cuando la categoría fue desactivada por el gobierno militar de turno.

El club auspició (incluyendo proveer su indumentaria principal) al Juventud La Joya de Chancay durante la temporada 1987 en la primera división y la intermedia, sin embargo para 1988 se rompe el vínculo.

En 1993 se usufructuó la categoría en Segunda con el Enrique Lau Chun con el cual tuvo un preacuerdo de fusión que no llegó a materializarse, por lo que solo le cedió su nombre y camiseta de modo comercial.

Finalmente en 1994 de vuelta en la Liga del Cercado el equipo descendió a Segunda División Distrital y al año siguiente no se presentó a jugar en dicha categoría, por lo que quedó desafiliado hasta la actualidad.