Los cistobasidiomicetos son hongos unicelulares y en la pared celular, los carbohidratos no tienen fucosa como componente a diferencia de otros miembros de Pucciniomycotina.

Todos los representantes forman basidios y se desarrollan en dos etapas de la vida: la etapa haploide y cuando crece la levadura.

Las colonias en la mayoría de los géneros suelen ser de color rosa-naranja, no obstante en el género Naohidea son blancas y en los géneros Bannoa y Erythrobasidium no forman basidios, pero en sí conidios.

[1]​ Estos dos últimos géneros también poseen un sistema especial de coenzima Q10 hidrogenada y forman su propio clado dentro de la clase.

La etapa de levadura es naranja y colonizan lugares con agua.