Las hembras suelen anidar en sitios excavados por cocodrilos cubanos, y protegen sus nidos.

Prefiere habitar en medio o cerca de nopales, cuyas espinas forman una protección eficaz contra los depredadores.

La subespecie nominal (C. n. nubila) que se distribuye en las zonas costeras rocosas y los islotes del sur de Cuba.

[4]​[9]​[10]​ Actualmente la iguana azul de Gran Caimán es reconocida como una especie separada.

[14]​[15]​ Existe dimorfismo sexual: los machos son mucho más grandes que las hembras y tienen poros femorales agrandados en su muslos, que utilizan para liberar feromonas para marcar su territorio y atraer a una pareja.

[16]​ Estas bandas se disuelven en el color del cuerpo a medida que la iguana envejece.

[20]​ Las células sensoriales, llamadas «conos dobles», dan una aguda percepción del color y la capacidad de ver radiación ultravioleta.

[21]​ Sin embargo, en la penumbra tiene mala visión porque tiene pocos bastones o células fotorreceptoras.

[1]​ Antes de alcanzar la madurez sexual, los machos son gregarios, pero se vuelven más agresivos a medida que envejecen, y defienden enérgicamente sus territorios cuando compiten por las hembras.

[22]​ Las hembras son más tolerantes entre sí, excepto después de poner sus huevos.

[1]​[16]​[22]​ En áreas donde no hay cocodrilos, las iguanas excavan sus nidos en playas de arena.

[16]​ Se mantuvo cerca del nido durante semanas, defendiéndolo agitando la cabeza y silbando a cualquiera que se acercara; este comportamiento demuestra que las iguanas cubanas vigilan y defienden sus nidos.

[26]​ Aunque suele permanecer inmóvil durante mucho tiempo y suele tener un andar lento y pesado debido a su masa corporal, tiene la capacidad de desplazarse con velocidad sorprendente sobre distancias cortas.

Los animales juveniles son más arbóreos y buscarán refugio en los árboles, a los que pueden subir con gran agilidad.

Es un nadador capaz y puede lanzarse al agua más cercana en caso de peligro.

Debido a esta amplia distribución, es difícil obtener información precisa sobre el número de las diferentes subpoblaciones.

[16]​[22]​[30]​ En áreas sin cactus, los lagartos hacen sus madrigueras en los árboles muertos, troncos huecos, y grietas en la piedra caliza.

[32]​ Los episodios de sacudida y las pausas eran hasta 350% más largos en la población asilvestrada.

[32]​ La iguana cubana está clasificada como «vulnerable» en la Lista Roja de la UICN.

[35]​ De acuerdo a Honigsberg, esto fue el argumento por el cual el Tribunal Supremo admitió el caso.

[33]​ En general, la especie está en declive, con mayor rapidez en la isla principal que en las islas periféricas.

[36]​ Según el naturalista Thomas Barbour, esto se basa en creencias infundadas que sugieren que cuando se mata a una iguana, esta emite un líquido oscuro, reminiscente del vómito negro de las víctimas de fiebre amarilla.

[26]​ Con una sola excepción, todas las grandes concentraciones de iguana están parcial o totalmente protegidas por el gobierno cubano.