[2]​ La localidad ha tenido población humana desde tiempos antiguos, habiéndose registrado hallazgos arqueológicos en los cerros cercanos que datan de la Edad del Bronce (cultura del vaso campaniforme),[3]​ la población celtibérica[4]​ y la Hispania romana.

[6]​ Probablemente fuera tomado por los cristianos durante la conquista de la taifa zaragozana por Alfonso I el batallador a principios del siglo XII.

En la cercana Cutanda se registró en 1120 un importante enfrentamiento con los musulmanes que trajo la hegemonía cristiana a la zona.

[17]​ La localidad había ganado población rápidamente al comienzo del siglo XX.

[20]​ Como era típico en la comarca, la ganadería ovina era también importante, registrándose 500 cabezas de ganado en Cuencabuena.

Con la construcción de una estación en la localidad, Cuencabuena quedó enlazada a la capital regional en condiciones modernas.

[27]​ Durante la Segunda República española la localidad, al ser una zona eminentemente rural, votó mayoritariamente a la derecha.

[31]​ La localidad sigue siendo en la época moderna parte del eje de comunicación principal entre Zaragoza y Teruel/Valencia.

[33]​ En tráfico rodado, la localidad fue escogida como parte del trazado de la autovía mudéjar.

Fue precisamente el tramo que incluía el barranco de Cuencabuena el último en ser inaugurado, completando dicha ruta en 2008.

[37]​ La localidad cuenta con dos peirones en los caminos aledaños[2]​ así como un tercero que sigue la tipología de peirón-fuente en la plaza.