[1] La subsubcuenca 043-35, que es la quebrada Chancay, cuyo límite occidental es el océano Pacífico, también pertenece al ítem administrativo 043 "Cuenca del río Elqui", pero no está conectado con la cuenca hidrográfica del río Elqui.
La primera incluye la quebrada de Chancay, la segunda la inscribe en la cuenca del norte.
La "región del complejo montañoso andino-costero" o valles transversales, donde se ubica la hoya del río Elqui, son estribaciones andinas que alcanzan la cordillera de la Costa e interrumpen la depresión intermedia de Chile formando a su vez las cuencas de los ríos Elqui, Limarí, Choapa, Quilimarí, Petorca, La Ligua y finalmente la cuenca del río Aconcagua.
[5]: 16 Las ciudades emplazadas en la cuenca corresponden a La Serena (capital regional) y Vicuña.
En todos estos cauces se observa un régimen nival, con los mayores caudales entre noviembre y febrero en años húmedos.
Para tener una aproximación a nivel de cuenca (casos locales no están reflejados) del consumo comparado con la disponibilidad de agua, se define como: Siguiendo intrincadas definiciones del consumo y la demanda que consideran aguas superficiales, subterráneas, flujos mínimos de sustentabilidad, y consumos que no son devueltos al cauce original, todo ello según normas de organizaciones internacionales, se han clasificado los resultados en cuatro casos:[8]: 29 Aplicada esta clasificación a la cuenca del río Elqui, el estudio estima una brecha hídrica alta con un uso del 43% del agua disponible.
Por el contrario, las zonas amarillas indican que durante ese tiempo el agua caída puede ser evaporada por el calor del sol.
[5]: 17 La agricultura desarrollada en el Valle de Elqui produce papaya, palta, chirimoya, higo, durazno y uva.
La zona también es ampliamente utilizada para el pastoreo de ganado caprino, bovino y caballares.